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O ano 2001 marcaria a maior mudanca nos rumos da Sega, com a saida da empresa do mercado de consoles caseiros.
A compania ja vinha se envolvendo a algum tempo (primariamente) dentro de outra "plataforma" como produtora de jogos, conhecida como "third-party publisher", que cria jogos para consoles produzidos por outras companias como Nintendo, Sony e a Microsoft. Unidades de arcade ainda continuam sendo produzidas sob o nome de SEGA Naomi.
Em 2003, a SEGA enfrentou tempos dificeis, e depois da morte do fundador da CSK, Isao Okawa em 2001, que gastou mais de US$40 bilhoes para ajudar a Sega, CSK pos a Sega a leilao. O primeiro interessado foi a Sammy of Japan, mas os planos nao foram a frente.
Reunioes tambem foram feitas com outros interessados como Namco, Bandai, Eletronic Arts e Microsoft.
Em Agosto de 2003, a Sammy comprou 22% das acoes que a CSK tinha em maos, e o presidente da Sammy Hajime Satomi se tornou CEO da Sega.
Com o diretor da Sammy a frente da Sega, foi decidido que as atividades dela iriam focar os lucros vindos da producao de arcades ao inves dos investimentos no mercado de desenvolvimento de games para consoles caseiros.
Durante a metade de 2004, a Sammy se tornou socia majoritario da Sega Corporation com o custo em torno de US$1.1 bilhao, criando uma nova compania Sega Sammy Holdings, uma das maiores companias de games do mundo.
A Sega recentemente adquiriu os direitos da Sports Interactive, produtores da serie Football Manager, e do antigo Championship Manager games serie.
No dia 25 de janeiro de 2005, foi vendida a Visual Concepts, a uma das suas divisoes conhecida por muitos jogos sob o selo da Sega Sports games incluindo ESPN NFL Football series, anteriormente NFL2K, para a Take Two Interactive por $24 milhoes.
A venda tambem englobou uma subdivisao da Visual Concept's chamada Kush Games.
A Take Two anunciou que estaria produzindo games sob um novo selo chamado, 2K .
No dia 9 Marco de 2005 Sega adquiriu outra gamehouse, a Creative Assembly melhor conhecida por seus jogos de estrategia como Medieval: Total War e Rome: Total War.
Em 12 de Setembro de 2005, foi anunciado que a Sega estaria trabalhando em parceria com Petroglyph na criacao de um jogo militar futuristico mesclado com elementos de Sci-fi, Real Time Strategy para PC. Ja no final de 2006, a Sega anunciou que estaria produzindo diversos jogos baseados em Alien series, incluindo um plataforma e um RPG.